Detailed deletion mapping of loss of heterozygosity on 22q13 in sporadic colorectal cancer

Table 1 LOH result on every locus.

No	D22S115	D22S1171	D22S114	D22S1141	D22S1160	D22S1149	D22S1170
001T	△	△	L	△	N	△	N
019T	N	N	△	N	L	△	△
002T	N	△	N	N	△	△	L
006T	△	N	L	△	△	△	N
012T	L	N	L	△	L	△	△
016T	N	L	N	△	△	△	△
021T	N	N	△	N	L	△	△
008T	△	L	L	△	△	△	△
013T	N	△	N	N	L	△	△
017T	N	N	L	△	△	△	△
022T	N	△	L	△	△	△	△
010T	△	N	L	△	△	L	N
014T	△	△	△	N	L	△	L
018T	N	L	△	△	N	△	△
023T	△	L	△	N	N	N	△
029T	N	L	△	N	L	△	△
044T	△	L	L	L	L	△	△
101T	L	△	L	△	L	△	L
105T	N	L	△	△	L	△	△
030T	△	△	N	L	△	△	L
036T	N	△	N	N	N	△	L
041T	△	△	L	△	L	△	L
045T	L	L	△	L	L	△	N
102T	△	N	L	△	L	△	△
106T	L	N	△	△	△	△	△
032T	N	N	N	△	△	△	L
037T	N	L	△	L	△	△	L
042T	△	N	N	L	△	△	L
103T	N	△	△	N	L	△	△
033T	L	L	L	L	△	△	L
108T	N	N	N	△	△	△	L
116T	L	L	L	△	L	△	L
124T	L	N	L	△	△	△	△
128T	△	△	N	N	L	△	△
117T	L	△	△	△	△	△	△
121T	N	△	N	△	△	L	L
114T	L	N	L	△	N	△	L
122T	L	L	L	L	△	L	L
126T	△	△	△	L	L	△	△
130T	△	L	△	△	△	L	L
111T	L	L	△	N	N	△	L
127T	△	△	L	△	△	△	△
131T	L	N	N	△	L	△	△
132T	△	L	△	△	L	△	N
136T	△	N	L	△	N	L	△
140T	N	N	N	△	L	△	△
144T	N	N	N	△	△	△	L
133T	N	△	L	N	△	△	△
137T	△	L	L	N	△	△	△
141T	△	N	△	N	L	△	N
145T	△	N	L	N	△	△	△
134T	N	L	N	△	△	△	△
142T	L	△	L	L	L	N	△
139T	L	L	L	△	△	△	N
143T	△	L	N	N	L	△	△

L: loss of heterozygosity. N: retention of heterozygosity. △: non-informative (homozygosity/MSI/no production).

Table 2 LOH frequency statistics result on 22q13.

Locus	Location cases	LOH cases	Normal rate	Informative (cm)	Distance rate	LOH (%)
D22S115	22q13.2	14	36	60.24		28
D22S1171	22q13.31	19	31	60.24	1.2	38
D22S114	22q13.31	23	35	69.88	0.7	39.65
D22S274	22q13.31	16	31	56.63	2	34.4
D22S1141	22q13.31	9	33	50.6	1.1	21.43
D22S1160	22q13.31	22	12	40.96	0.8	64.71
D22S1149	22q13.31	5	8	15.66	1.8	38.46
D22S1170	22q13.31	7	28	42.17	6.8	20

Table 3 Relationship between clinicopathological features and LOH cases on 22q13.

		D22S1157		D22S1171		D22S114		D22S1141		D22S1160		D22S1149		D22S1170
		L	N	L	N	L	N	L	N	L	N	L	N	L	N
Gender	Male	4	18	10	10	10	16	6	19	7	7	2	7	4	14
	Female	10	18	9	21	13	19	3	14	15	5	3	1	3	14
Age (yr)	>60	11	26	14	26	20	26	8	22	14	10	4	7	6	25
	≤60	3	10	5	5	3	9	1	11	8	2	1	1	1	3
Location	Proximal colon	8	12	3	15	11	12	2	8	6	6	3	3	3	15
	Distal colon	5	9	9	7	7	7	3	8	8	4	1	2	2	5
	Rectum	1	15	7	9	5	16	4	17	8	2	1	3	2	8
Gross pattern	Massive	7	14	7	13	11	14	4	14	5	7	4	4	4	11
	Ulcerative	5	19	11	13	8	17	4	16	15	4	0	2	3	15
	Encroaching	2	3	1	5	4	4	1	3	2	1	1	2	0	2
Size (cm)	≥5	7	14	8	13	9	13	4	16	5	6	2	5	4	17
	<5	7	22	11	18	14	22	5	17	17	6	3	3	3	11
LN metastasis	LN (+)	7	20	10	17	12	17	4	16	15	3	2	3	3	13
	LN (-)	7	16	9	14	11	18	5	17	7	9	3	5	4	15
Liver metastasis	LM (+)	2	5	3	4	0	9	1	6	2	2	0	0	2	4
	LM (-)	12	31	16	27	23	26	8	27	20	10	5	8	5	24
Differentiation	Well	5	7	3	5	6	7	2	9	4	3	1	2	1	3
	Moderately	6	23	13	15	10	21	6	15	10	6	2	3	6	16
	Poorly	1	1	1	3	2	1	0	1	0	1	0	0	0	2
	Mucinous	2	5	2	8	5	6	1	8	8	2	2	3	0	7
Dukes stage	A	1	3	2	0	3	3	0	4	1	3	0	1	0	3
	B	4	9	4	10	6	9	4	6	6	3	3	4	2	7
	C	6	19	10	15	13	13	5	15	12	4	2	3	3	14
	D	3	5	3	5	1	10	0	8	3	2	0	0	2	4